Projects
- COMMON PROJECT BETWEEN THE 2 THEMES OF THE FDBT TEAM
The FDBT team has the unique advantage of combining experts in theoretical bioinformatics, data-mining and artificial evolution. The team therefore works on a common project around introns, where the different skills available in the team can be used.
Un projet commun et fédérateur consistera à travailler autour des introns dont l'origine évolutive et la fonctionnalité dans les gènes des eucaryotes restent mystérieuses et à préciser. La structure nucléotidique des introns diffère radicalement de celle des gènes, en particulier elle présente une périodicité modulo 2 (Michel, Journal of Theoretical Biology 120, 1986; Arquès et Michel, Nucleic Acids Research 15, 1987; etc.). Nous nous proposons de caractériser cette périodicité par différentes approches: programmation génétique, méthode d'entropie, algorithmes de compression, analyse multifractale. A quels motifs est-elle associée: alphabet {A,C,G,T} ou {R,Y}, longueur et structure des motifs associés, nombre et type de mutations sur ces motifs, comparaison avec la structure des gènes, etc.
- Modélisation et optimisation des pratiques collaboratives
THESE CIFRE de l'Université Lyon I, en co-tutelle avec l'Université de Strasbourg.
- Comparaison d'indices biologiques en utilisant des treillis de Galois
Thèse de l'Université de Strasbourg.
- Connaissances et classification multistratégie d'objets complexes multisources
Thèse de l'Université de Strasbourg.
- Structuration automatique d'ensembles d'images et de séquences vidéo
Thèse CIFRE de l'Université de Strasbourg.
- METHODES INFORMATIQUES POUR L'IDENTIFICATION DE CODES CIRCULAIRES DANS LES GENES
La recherche de codes circulaires et de motifs préférentiels dans les génomes se poursuit avec le développement de méthodes informatique et statistiques plus fines dont le principe général repose sur une idée très peu exploitée basée sur l'analyse simultanée des 3 phases des gènes.
- RECHERCHE DE CONSEQUENCES DES CODES CIRCULAIRES DANS LES GENES
Récemment, nous nous intéressons aux conséquences des codes circulaires dans les gènes (frameshift genes, etc.).
- POURSUITE DES ETUDES THEORIQUES DES COMMA FREE CODES ET DES CODES CIRCULAIRES (avec Dr Giuseppe Pirillo, Florence)
- GENERALISATION DES MODELES D'EVOLUTION CHAOTIQUE DES GENES (avec Prof. Jacques Bahi, Belfort)
- ETUDE ANALYTIQUE DES DISTANCES PHYLOGENETIQUES ET LEURS APPLICATIONS A L'INFERENCE PHYLOGENETIQUE (avec Dr Alexis Criscuolo)
