Projets en cours

• PROJET TRANSVERSAL ENTRE LES 2 THEMATIQUES DE FDBT: ETUDE DES INTRONS
  
  L'équipe FDBT a l'avantage de réunir simultanément des experts en bioinformatique théorique, en fouille de données et en évolution artificielle. Un projet commun et fédérateur consistera à travailler autour des introns dont l'origine évolutive et la fonctionnalité dans les gènes des eucaryotes restent mystérieuses et à préciser. La structure nucléotidique des introns diffère radicalement de celle des gènes, en particulier elle présente une périodicité modulo 2 (Michel, Journal of Theoretical Biology 120, 1986; Arquès et Michel, Nucleic Acids Research 15, 1987; etc.). Nous nous proposons de caractériser cette périodicité par différentes approches: programmation génétique, méthode d'entropie, algorithmes de compression, analyse multifractale. A quels motifs est-elle associée: alphabet {A,C,G,T} ou {R,Y}, longueur et structure des motifs associés, nombre et type de mutations sur ces motifs, comparaison avec la structure des gènes, etc.

• ANR Jeune Chercheur Ecosgil
  co-coordinateurs : Anne Puissant (MCF en Géographie, LIV Strasbourg) et Cédric Wemmert .

• Contrat R&D CNES/LSIIT-FDBT
  Une offre d'étude a été validée par le comité de pilotage de la R\&D du CNES (Centre National d'Etude Spatiale). Cette étude a démarrée en octobre 2007. Elle est financée par le CNES. Par ce projet, dirigé par Pierre Gançarski et Cédric Wemmert en collaboration avec Anne Puissant, il s'agit de fournir un système interactif d'aide à l'interprétation d'images satellite. De plus, une méthode générique permettant l'utilisation conjointe d'images de différents types et différentes résolutions devra être développée et testée. Les expérimentations se focaliseront sur des données SPOT (haute résolution) et type Pléiades (très haute résolution). Ce contrat devrait permettre l'embauche au sein du LSIIT-FDBT d'un post-doctorant pendant 6 mois ainsi que d'un ingénieur de développement pendant 3 mois.

• ANR - Programme blanc
  Le projet GeOpenSim proposé en réponse à l'appel à projet blanc ANR 2007 par Anne Ruas (IGN - Paris), Christiane Weber (LIV - Strasbourg) et Pierre Gançarski a été retenu et financé.
  L'objectif de ce projet de recherche est de concevoir une nouvelle plate-forme OpenSource dédiée à l'analyse des tissus urbains qui disposerait des caractéristiques suivantes : (1) une représentation vectorielle et multi-niveaux de l'information géographique apte à décrire les tissus urbains, (2) des mécanismes permettant de simuler des évolutions du tissu urbain en se basant sur une représentation d'agents géographiques vectoriels et sur des mécanismes de croissances et de dépendances fonctionnelles, (3) une bibliothèque composée d'algorithmes d'analyse et d'agrégation et d'algorithmes d'apprentissage permettant d'enrichir la description de l'espace.

• Comparaison d'indices biologiques en utilisant des treillis de Galois
  
  Thèse de l'Université de Strasbourg.

• Connaissances et classification multistratégie d'objets complexes multisources
  
  Thèse de l'Université de Strasbourg.

• Structuration automatique d'ensembles d'images et de séquences vidéo
  
  Thèse CIFRE de l'Université de Strasbourg.

• METHODES INFORMATIQUES POUR L'IDENTIFICATION DE CODES CIRCULAIRES DANS LES GENES
  
  La recherche de codes circulaires et de motifs préférentiels dans les génomes se poursuit avec le développement de méthodes informatique et statistiques plus fines dont le principe général repose sur une idée très peu exploitée basée sur l'analyse simultanée des 3 phases des gènes.

• RECHERCHE DE CONSEQUENCES DES CODES CIRCULAIRES DANS LES GENES
  
  Récemment, nous nous intéressons aux conséquences des codes circulaires dans les gènes (frameshift genes, etc.).

• POURSUITE DES ETUDES THEORIQUES DES COMMA FREE CODES ET DES CODES CIRCULAIRES (avec Dr Giuseppe Pirillo, Florence)

• GENERALISATION DES MODELES D'EVOLUTION CHAOTIQUE DES GENES (avec Prof. Jacques Bahi, Belfort)

• ETUDE ANALYTIQUE DES DISTANCES PHYLOGENETIQUES ET LEURS APPLICATIONS A L'INFERENCE PHYLOGENETIQUE (avec Dr Alexis Criscuolo)

Projets plus anciens

• Projet européen - TIDE
  En 2002, nous avons intégré le projet européen TIDE (Tidal Inlets Dynamics and Environment). En collaboration avec les universités de Padoue, Trente et Venise (Italie) et de Saint-Andrews (GB) nous sommes intervenus plus particulièrement dans le Works Package 6. Vegetation and microphytobentos classification from remote sensing data. Dans ce cadre, nous avons pu compléter et appliquer notre approche multi-stratégies sur des images de grande taille (images hyperspectrales) fortement bruitées. Ce fort bruit nous a contraint à étudier l'intégration dans notre système d'un moyen de sélectionner les bandes à utiliser.
  Ainsi, nous avons été amenés à nous intéresser à des données complexes (images hyperspectrales, zones homogènes vectorisées) présentant un grand nombre d'attributs pouvant être redondants, fortement bruités voire inutiles. Nous avons développé différentes méthodes coévolutives permettant de classifier de tels objets en sélectionnant pour chaque classe d'objets les << meilleures >> caractéristiques sous forme d'une pondération locale des attributs lors de la mise en évidence de la classe.
  De fait, parallèlement, nous avons été amenés à étendre notre domaine de compétence de l'informatique pure à la géomatique.
  Nous sommes ainsi passés d'une vue strictement numérique des pixels et statistiques des résultats à une vue plus géographique dans laquelle les zones sont des régions thématiques (approche orientée objets) et les résultats sont pertinents (ou non) par rapport à la connaissance du domaine (expert humain, logiciels dédiés, ontologie, ...). De cette évolution est né le projet FoDoMuSt.

• ACI Masse de Données FoDoMuSt (2004-2007)
  Le projet FoDoMuSt a été accepté dans le cadre de la campagne 2004 de l'ACI Masses de Données. Coordonné par Pierre Gançarski, il a regroupé une quinzaine de personnes (dont 10 permanents) issues de trois laboratoires de recherche français : le LSIIT, le LIV (Laboratoire Image et Ville, Strasbourg, coord. locale : Christiane Weber) et ERIC (Equipe de Recherche en Ingeniérie des Connaissances, Lyon, coord. local : Omar Boussaïd). Il a permis l'embauche de deux post-doctorants au sein de l'équipe AFD : David Sheeren (septembre 2005/août 2006) et Nicolas Durand (septembre 2005/mars 2006).
  Les objectifs de cette collaboration étaient de proposer une méthode d'aide à l'interprétation de l'information issue d'une masse de données images et de définir et préciser le processus d'extraction d'informations et de connaissances permettant l'utilisation conjointe et complémentaire de différentes sources d'informations voir site. Ce projet a donné lieu à près de 20 réunions entre 2004 et 2007, une présentation de 3 heures en séminaire avec invitation de membres externes au LSIIT, une trentaine de publications dont près d'un tiers en revue internationale.